害虫综合治理研究室测定花蓟马染色体水平基因组

发布时间：2024年03月11日 10:14　　浏览次数：388

近日，我所害虫综合治理研究室测定了花蓟马Frankliniella intonsa染色体水平的基因组，研究论文发表于Nature Research旗下刊物Scientific Data。

花蓟马是一种重要的蔬菜蓟马类害虫，不仅能够直接对寄主植物进行危害，还是多种植物病毒病的传播媒介。该项研究利用Oxford Nanopore长片段测序、Illumina二代测序和高通量染色体构象捕获技术（Hi-C）对花蓟马基因组进行了测序和组装，得到花蓟马基因组大小约266 Mb，其中209.09 Mb挂载到15条染色体上，BUSCO评估完整度为92.5%。结构注释共鉴定到14,109个蛋白编码基因，其中9,931个基因可注释到功能，此外，在基因组中注释到了491个非编码RNA片段和0.57%的散在重复序列。

近年来蓟马类害虫危害加重，其中，豆大蓟马、西花蓟马、花蓟马和瓜蓟马4种蔬菜蓟马被农业农村部列为一类病虫害管理。针对这4种一类害虫，团队率先测定了瓜蓟马基因组，为蓟马中第一个染色体水平的基因组（Guo et.al., 2020），与中国农业大学联合测定了豆大蓟马基因组（Ma et.al., 2022），该项研究进一步丰富了蓟马基因组数据资源，为蓟马类害虫发生规律、成灾机理及防控技术研究奠定基础。

在站博士后宋威为论文第一作者，魏书军研究员为论文通讯作者，曹利军、陈金翠、王佳旭、陈敏、包文学参与了该研究。相关工作得到了国家重点研发计划等项目的资助。

文章链接：https://www.nature.com/articles/s41597-024-03113-6

图：花蓟马基因组评估（A）和Hi-C组装（B）结果